中研院南院位於台南高鐵特定區內，佔地約七．三公頃，中研院南院所在的沙崙綠能科學城，為當前政府施政的旗艦計畫之一，也是台南市現階段最大的發展計畫案，將集結全台綠能研究發展的能量，讓科學城持續成長，成為亞洲重鎮。

南部院區採開放空間規劃，以國際大學城型態、生物多樣性，還有社區友善等理念為設計主軸，到一一○年，將陸續完成三棟研究大樓，包含精密溫室與玻璃溫室等，總樓地板面積逾六萬六千平方公尺。

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